Mengacu Keputusan Gubernur, mulai tahun 2000 TPA Piyungan dikelola oleh Sekretariat Bersama (Sekber) Kartamantul.

Tahun 2005

Harian Kompas mempublikasikan masalah di TPA Piyungan pada 27 April 2005.

Saat itu, termuat berita bahwa TPA Piyungan diperkirakan hanya bisa bertahan maksimal sampai tahun 2010.

Dalam berita di Harian Kompas itu, disebutkan bahwa Pemerintah Kota Yogyakarta, Pemerintah Kabupaten Sleman, dan Pemerintah Kabupaten Bantul, selaku pengguna TPA Piyungan, harus segera bertindak.

Jogja Kota, Bantul, dan Sleman harus mencari solusi atas masalah yang terjadi di TPA Piyungan.

Tahun 2007

Diwartakan Harian Kompas, pada 1 Desember 2007, ada investor dari Jepang yang disebut-sebut berminat membangun instalasi pengolah gas metan dari TPA Piyungan. 

Gas metan itu akan dimanfaatkan untuk listrik dan bahan bakar.

Namun, rencana pembangunan instalasi pengolah gas metan tersebut tak jelas tindak lanjutnya.

Tahun 2015

Setelah 15 tahun dikelola oleh Sekber Kartamantul, TPA Piyungan kemudian diambil alih oleh Balai Pengelolaan Infrastruktur Sanitasi dan Air Minum (PIALAM). 

Balai PIALAM merupakan lembaga yang berada di bawah naungan Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Energi Sumber Daya Mineral.

Keputusan tentang pengelolaan TPA Piyungan tersebut tertuang dalam Peraturan Gubernur (Pergub) DIY Nomor 99 Tahun 2014.

Sejak 1 Januari 2015, Balai PIALAM bertanggungjawab mengelola TPA Piyungan.