Baru tahun 1987, pindah ke lokasi baru yang ditempati sampai sekarang ini.
Pondok pesantren ini dulu hanya mengajarkan kitab-kitab atau salafiyah, tetapi setelah itu dirintis menjadi pondok pesantren modern oleh Kyai Muhammad Hadi Yunus, anak pertama dari Kiai Alwan, sang pendiri.
Pondok pesantren ini pun menjadi pondok pesantren modern dengan menerapkan program pendidikan Tarbiyatul Muballighiin wal Muallimin (TMM).
Program ini adalah program pendidikan enam tahun yang meliputi jenjang Madrasah Tsanawiyah (Mts) dan Madrasah Aliyah (MA).
• Buka Rakor Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren, Sesditjen Pendis Ingatkan 6 Hal
"Pertama kali pondok pesantrenini adalah salafiyah, hanya mengajarkan kitab-kitab. Lalu tahun 1980-an diubah menjadi pendidikan formal, Madrasah Aliyah (MA). Tahun 1987 dirntis menjadi pesantren modern oleh Kyai Muhammad Hadi Yunus. Setelah Kyai Muhammad Hadi Yunus wafat tahun 2003, pengurus pesantren yayasan al iman, mengamanahkan kepada Dr Muhammad Zuhaery MA sebagai pimpinan pesantren," katanya.
Pondok pesantren sendiri menempati lahan seluas sekitar satu hektar, dengan tiga bangunan utama yang dipisahkan sebuah jalan.
Bangunan utara adalah asrama putri berlantai tiga, dan rumah pimpinan pondok pesantren.
Sebelahnya adalah kelas lokal MTs dan MA.
Seberangnya sendiri adalah asrama putra, laboratorium, dan masjid.
Fasilitas yang ada di Pesantren ini adalah masjid, asrama putra dan putri, sarana olahraga, lab komputer dan internet, kantin, koperasi, multimedia, wifi area, dan bimbingan konseling.
Sementara ekstrakurikuler ada pramuka, marching band, seni bela diri, OSIS, olahraga prestasi, seni tilawatul Quran, Kaligrafi, seni musik.
"Di sini kami juga ada ekstrakurikuler, seni hadrah, tata boga, dan ketrampilan. Agar para santri dapat menyalurkan bakatnya di bidang seni, juga dapat mempelajari tata boga atau ketrampilan lain sebagai bekal lulus nanti," ujar Mustafa.
• Mengenal Pondok Pesantren Muallimin, Ponpes Muhammadiyah Pertama di Indonesia
Kurang lebih ada sebanyak 187 santriwan dan santriwati yang belajar di sini.
Mereka berasal dari berbagai daerah di Indonesia, seperti Sulawesi, Kalimantan, Riau, Jawa dan bahkan Papua.
Sistem pembelajaran sendiri memadukan pembelajaran umum dan pembelajaran agama.